%A 王明霞 田红梅 江海坤 贾 利 王 艳 方 凌 %T 转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因 %0 Journal Article %D 2018 %J 中国蔬菜 %R %P 23-28 %V 1 %N 12 %U {https://www.cnveg.org/CN/abstract/article_18129.shtml} %8 2018-12-01 %X

乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征。采用Illumina 高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data 均达到4.00 Gb,Q30 碱基百分比在90.53% 以上。将测序数据进行de novo 拼接后得到127 988 条转录本和46 950条unigene,平均长度分别为1 327.71 bp 和856.26 bp。以FDR(false discovery rate)< 0.01 且差异倍数FC(fold change)≥ 2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1 296 个差异表达基因。对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1 156 个差异表达基因被注释,其中1 150 个差异表达基因注释到nr 数据库;864 个差异表达基因注释到GO 数据库;200 个差异表达基因注释到KEGG 数据库,分属80 条代谢通路。